در پایانه های صادراتی و مطابق آیین نامه و ضوابط و مقررات الحاقی آن استقرار گمرک پیش بینی شده است تا زیرساخت های لازم در پایانه و مساعدت همراهی نیک مدیران مرتبط حضور گمرک محقق شود.
ساختمان تشريفات گمركي به‌صورت قوسي با لاين های رفت و برگشت و دستگاه توزين براي توزين كالاهاي صادراتي و وارداتي، سالن كنفرانس مدنظر پیش بینی شده است. اين سالن برای كليه تشريفات گمركي مدنظر است. گمرک پایانه در فضای انتهای انبارها متصل به بارانداز و خطوط حمل و نقل ریلی است و سهولت بارگیری بر اساس برنامه بارگیری و انجام مراحل تشریفات گمرکی را فراهم خواهد نمود
برای بخش گمرک مساحت مناسب با کلیه امکانات لازم در نظر گرفته و جانمایی شده است، دسترسی به سکوها و بارانداز و اتصال به خطوط ریلی پایانه تسهیل خواهد شد. که تجار پس از انجام فرانید انتخاب محصول و نهایی شدن تشریفات خرید محصول، با انتخاب پایانه در اظهارنامه گمرکی می توانند ضمن انتقال محصول خود از انبار پایانه یا واحد تولیدی خود، ضمن تشریفات گمرکی انتقال محصول به نقطه مدنظر را انجام دهند.